Malé projekty k podání žádosti nevyužívají Monitorovací systém 2021+. Pro malé projekty (FMP) je využíván vlastní monitorovací systém, který je dostupný na adrese:
V projektové žádosti je třeba vyplnit všechny nezbytné údaje. Žádost je poté finalizována, následně je třeba projektovou žádost exportovat do PDF. Verzi v PDF je nutné elektronicky podepsat a poté podepsanou vložit jako přílohu do systému. Tím je žádost podána u Správce Fondu. Toto podání žádosti u Správce se považuje za zaevidování projektové žádosti.